W 1981 naczelnik Urzędu Dzielnicowego Kraków-Podgórze Marian Kulig nakazał likwidację baru i przeznaczył pomieszczenia na utworzenie muzeum. Dzięki staraniom grupy osób dobrze znających historię apteki, przyjaciół Pankiewicza, którzy utworzyli Towarzystwo Przyjaciół Dzielnicy Podgórze, w składzie: Fryderyk Nedela, mecenas Mieczysław Kossek, dr Józef Wroński, Tadeusz Zachariasiewicz, Leon Gröbler, prof. dr hab. Julian Aleksandrowicz, prof. dr hab. Jan Walas, prof. Emil Luchter, Jan Krejcza utworzono Muzeum Pamięci Narodowej. Muzeum otwarto 22 kwietnia 1983 roku.
W 2002 roku Roman Polański przekazał uzyskaną nagrodę Fundacji Kultury Polskiej „Złote Berło” na rzecz muzeum.
W 2003 Muzeum Apteka pod Orłem zostało oddziałem Muzeum Historycznego Miasta Krakowa. Dzięki funduszom przekazanym przez Romana Polańskiego i Stevena Spielberga, nastąpiły zmiany w wyposażeniu i ekspozycji muzealnej. W 2010 Muzeum Historyczne Miasta Krakowa włączyło Aptekę pod Orłem w nowo utworzoną strukturę – Trasę Pamięci. Stanowią ją trzy oddziały MHK: Fabryka Schindlera, Ulica Pomorska i Apteka pod Orłem, które wspólnie prezentują całość historii okupacyjnego Krakowa.