Klasztor prawosławny W 1851 na mocy decyzji władz rosyjskich klasztor bernardynów został skasowany. W latach 1869–1875 dokonano przeróbek w architekturze i wystroju wnętrza obiektu, by przystosować go do liturgii prawosławnej. Zmieniono również wygląd fresków w kościele klasztornym, przerabiając cztery postacie papieży na wizerunki ewangelistów, zaś napisy łacińskie zastępując cerkiewnosłowiańskimi. Kościół został tym samym przemianowany na sobór św. Mikołaja. W 1911 wzniesiono na nim pięć cebulastych kopułek. Dwa lata wcześniej zakończono budowę nowego prawosławnego soboru w Dubnie, przez co dawny kościół stracił tę rangę. W budynkach byłego klasztoru bernardynów rozmieszczono żeński monaster pod wezwaniem św. Mikołaja.
W 1921 monaster został zrewindykowany na rzecz Kościoła katolickiego, przeciwko czemu Kościół prawosławny nie protestował, uznając słuszność tej decyzji z historycznego punktu widzenia. Mniszki, które musiały opuścić klasztor, zakwaterowano tymczasowo w skicie św. Jerzego na Kozackich Mogiłach, zaś w 1923 prawosławna diecezja wołyńska otworzyła nowy żeński monaster św. Mikołaja w Obyczach.