Po 1921 Klasztor w Dubnie, przebudowany w celu usunięcia elementów architektury bizantyńsko-rosyjskiej, został zwrócony bernardynom, lecz ci nie byli w stanie go zagospodarować. W 1928 budynek został przekazany władzom diecezjalnym i odtąd mieścił seminarium duchowne, od 1931 noszące nazwę Papieskiego Seminarium Duchownego, prowadzone przez bazylianów.
W 1979 władze radzieckie poleciły adaptację klasztoru na cele świeckie. Od 1979 w kościele mieścił się zakład wyrobów artystycznych. W 1990 obiekty zostały ponownie przekazane Kościołowi prawosławnemu. Parafia Ukraińskiego Kościoła Prawosławnego Patriarchatu Kijowskiego przeprowadziła remont zabudowań. Ponownie urządzono w nich żeński monaster św. Mikołaja, który dysponuje także budynkiem Bramy Łuckiej. Dawny kościół bernardynów został zaadaptowany ponownie na sobór św. Mikołaja i służy zarówno wspólnocie mniszej, jak i miejscowej parafii. Od 2018 r. monaster znajduje się w jurysdykcji Kościoła Prawosławnego Ukrainy.