Wydedukował, że sole mineralne, które były obecne w danym organie lub tkance w największej ilości, były niezbędne do prawidłowego funkcjonowania tego narządu czy tkanki, a ich niedobór prowadził do zaburzeń w prawidłowym funkcjonowaniu lub do choroby. Według Schuesslera doustne podanie pacjentowi odpowiednich soli mineralnych przywracało zaburzoną w organizmie równowagę tkankowych soli mineralnych i odgrywało znaczącą rolę w procesie zdrowienia.
Uważał, że sole mineralne przed podaniem pacjentowi powinny być spreparowane w taki sam sposób jak środki homeopatyczne, tzn. poddane procesowi potencjowania homeopatycznego, który sprawiał, że sole były w stanie dotrzeć bezpośrednio do chorych komórek. Sam zwykle stosował nieorganiczne sole mineralne w szóstej potencji decymalnej, ale także stosował trzecią, czwartą i piątą potencję
Według Schuesslera zadaniem soli mineralnych podawanych pacjentom w postaci homeopatycznej było pobudzenie ludzkiego organizmu do efektywnego wchłaniania brakujących soli mineralnych z strawionego pokarmu i do lepszego wykorzystania ich w tkankach, a nie dostarczanie organizmowi brakujących soli.