1 listopada 1998, w związku z likwidacją Beskidzkiego Oddziału SG w Cieszynie, oddział przejął ochronę zachodniej części granicy polsko-słowackiej, od Babiej Góry po styk granic Polski, Słowacji i Czech. Zasięg terytorialny oddziału obejmował odcinek granicy państwowej od znaku granicznego I/202 wyłącznie do znaku granicznego III/201, tj. rozgraniczeniem ze Śląskim Oddziałem SG w Raciborzu. Długość odcinka granicy państwowej, którą ochraniał wówczas oddział wynosiła 399,2 km, z czego 312,7 km na terenie województwa małopolskiego i 86,5 km na terenie województwa śląskiego.
12 stycznia 2002 zasięg terytorialny oddziału obejmował: województwo małopolskie, wchodzące w skład województwa śląskiego: powiat żywiecki i z powiatu cieszyńskiego część obszaru gminy Istebna na południe od linii prostej biegnącej od znaku granicznego nr I/201 na granicy państwowej Rzeczypospolitej Polskiej z Republiką Słowacką do mostu na potoku Czadeczka z wyłączeniem tego mostu, prawym brzegiem potoku Czadeczka do zetknięcia się granicy miejscowości Jaworzynka, Koniaków i Istebna, dalej granicą miejscowości Koniaków oraz Istebna do granicy gmin Istebna i Milówka, województwo świętokrzyskie – w zakresie lotniczych przejść granicznych określonych w przepisach odrębnych.