Obejmując to stanowisko, wpadł w środek burzy, jaka rozpętała się w związku z podsłuchami zakładanymi przez Agencję na terenie kraju. Kongres, sądy i media zaczęły domagać się ustalenia roli, jaką NSA odegrała w akcji masowego podsłuchu rozmów telefonicznych prowadzonych przez obywateli amerykańskich, ujawnionej w wyniku przecieków z różnych źródeł. 8 sierpnia 1975 Allen, jako pierwszy w historii szef NSA składający zeznania przed komisją Kongresu, stanął przed obliczem Specjalnej Komisji Izby Reprezentantów ds. Wywiadu, zwanej „Komisją Pike'a”. Wkrótce po zakończeniu trwającego cztery godziny przesłuchania przy drzwiach zamkniętych Allena czekała równie żmudna procedura przesłuchań, też przy drzwiach zamkniętych, przez senacką Komisję ds. Wywiadu, znaną jako „Komisja Churcha”. Zeznając przed nią 29 października 1975, Allen ujawnił, że lista obiektów szczególnego zainteresowania Agencji zawiera dane personalne ok. 1700 amerykańskich obywateli i prawie 6 tys. obcokrajowców. Allen zdołał wytrzymać tę ciężką próbę i Agencję Bezpieczeństwa Narodowego opuścił dopiero w lipcu 1977.