Po zwycięstwie stalingradzkim jego armia otrzymała honorowe miano gwardyjskiej, stając się 8 Gwardyjską Armią. Na jej czele brał udział w bitwie o Dniepr i wyzwoleniu prawobrzeżnej Ukrainy. Latem 1944, w składzie 1 Frontu Białoruskiego, nadal na czele 8 Gwardyjskiej Armii, przekroczył Bug i zajął Lublin, a później walczył m.in. w zdobyciu Łodzi (19 stycznia 1945) i Poznania (23 lutego 1945). W kwietniu i maju 1945 wraz ze swoją armią brał udział w bitwie o Berlin. Czujkow 2 maja 1945 przyjął kapitulację gen. Helmuta Weidlinga, dowódcy garnizonu Berlina.
Okres powojenny W latach 1945–1946 był szefem oddziału SMAD (Sowieckiej Administracji Wojskowej w Niemczech) w Turyngii, później jej komendantem. W latach 1949–1953 dowodził wojskami radzieckimi na terenie sowieckiej strefy okupacyjnej Niemiec (od października 1949 Niemieckiej Republiki Demokratycznej), pełniąc jednocześnie funkcję szefa Radzieckiej Komisji Kontroli w Niemczech (SKK) i nadzorując odbiór reparacji wojennych na rzecz ZSRR (Kolonne). W latach 1946–1949 deputowany do Rady Najwyższej ZSRR 2. kadencji.
W 1953 objął dowództwo Kijowskiego Okręgu Wojskowego, co oznaczało załamanie kariery. W 1955 został awansowany do stopnia marszałka Związku Radzieckiego.