Od XV wieku matkę Boską przedstawia się często w jasnoniebieskim lub niebieskim płaszczu i białej sukni. Rozpowszechnienie się flagi „Maryjnej” w barwach miasta Krakowa prowadziło do nieporozumień identyfikacyjnych, dlatego władze zdecydowały się na zmianę odcienia koloru.
W uchwale Rady Miasta Krakowa z 2017 roku został przyjęty System Identyfikacji Wizualnej Miasta Krakowa, w którym barwy flagi oraz innych symboli miejskich zostały doprecyzowane do aktualnych standardów graficznych: Pantone, CMYK, RGB, RAL.
Od 15 sierpnia 2025 roku, na mocy zarządzenia Prezydenta Miasta Krakowa nr 518/2025 z dnia 3 marca 2025 roku, wprowadzono nowe zasady dotyczące dekorowania miasta w ramach programu Biało-czerwony Kraków. Zgodnie z nimi na budynkach administracyjnych na stałe eksponowane są trzy flagi: państwowa, miejska oraz Unii Europejskiej.
Flagi pojawiły się m.in. na następujących lokalizacjach:
Plac Wszystkich Świętych (siedziba główna UMK) Al. Powstania Warszawskiego 10 (Centrum Administracyjne) Ul. Stachowicza 18, Sarego 4, Wielopole 17a, Lubelska 27 Os. Zgody 2, Rynek Podgórski 1 i 2 Ul. Wielicka 28a, Grunwaldzka 8, Kasprowicza 29, Zabłocie 22, Mogilska 41