W drzeworycie sygnetu krakowskiej oficyny Floriana Unglera wydanego w druku Stanisława z Łowicza z 1521 roku przedstawia chorążego miejskiego dzierżącego w dłoni chorągiew Krakowa, na której widoczny jest herb miasta. Motyw herbu powtórzono też na tarczy herbowej, na której chorąży opiera dłoń.
Ilustracja z XVII wieku przedstawia uroczysty wjazd do Krakowa w 1605 roku Zygmunta III Wazy z Konstancją Habsburżanką na mające się odbyć uroczystości ich zaślubin. W orszaku idą mieszczanie krakowscy, wśród chorągwi cechowych widać także chorągiew miasta niesioną przez milicję miejską. Widoczna jej połać ma kolor niebieski, na tym tle znajduje się czerwony krzyż św. Andrzeja, a pośrodku herb Krakowa.
Od XIX do XX wieku miejsce chorągwi miejskiej weszły flagi w barwach miasta. W 1991 roku w Uchwale Rady Miasta Krakowa w sprawie herbu i barw, nie podjęto powrotu do symbolu w postaci chorągwi.
Pod koniec XX wieku władze miejskie wprowadziły substytut chorągwi w postaci flagi większej niż przeciętnego rozmiaru, z dużym herbem na obu jej płachtach, używana była do oprawy uroczystości miejskich, posiedzeń Rady Miasta Krakowa, flaga w czasie sesji wywieszana była na balustradzie południowego skrzydła frontonu Pałacu Wielopolskich.