9 października 2002 roku powstał zwarty zbiór znaków oficjalnych symboli Krakowa, wśród których znalazła się również chorągiew: na błękitnym płacie biały ukośny krzyż, z herbem miasta umieszczonym na skrzyżowaniu ramion krzyża. W lutym 2004 roku prezydent miasta zarządzeniem w sprawie zasad posługiwania się symbolami postanowił, że prawo używania chorągwi Stołecznego Królewskiego Miasta Krakowa przysługuje Prezydentowi Miasta Krakowa i Przewodniczącemu Rady Miasta Krakowa. Chorągiew jest umieszczona na drzewcu zwieńczonym miniaturą korony używanej przy koronacjach polskich monarchów. Konstrukcja chorągwi sporządzona zostaje według wzoru określonego w uchwale.
Konstrukcja, wymiary i barwy thumb|240px|Magistrat Krakowski podczas uroczystej sesji Rady Miasta w dniu Święta Flagi Krakowa Obowiązująca flaga Krakowa jest prostokątem o proporcjach 5:8 podzielonym na dwa poziome pasy: biały i niebieski. Dopuszcza się także wieszanie flagi w formie pionowej wstęgi: wówczas barwa biała powinna znajdować się po lewej stronie (widok z przodu).