Flaga ma być symbolem historii i kultury Orenburga oraz jednoczyć jego mieszkańców.
Historia Herb Orenburga w obecnej postaci został nadany miastu 8 czerwca 1782 r., a wraz z nim pojawiły się także sztandary miejskie, także zawierające wizerunek czarnego dwugłowego orła imperialnego na złotym tle. Rok 1917 przyniósł przewrót bolszewicki, za sprawą którego odrzucono dotychczasowe tradycje dotyczące symboliki miejskiej i zastąpiono je nowymi, zgodnymi z komunistyczną ideologią. W czasach sowieckim używano więc w mieście czerwonych sztandarów, z typowymi elementami komunistycznymi (gwiazdami, sierpami i młotami). Na sztandarach wypisywano też hasła dotyczące walki socjalistycznej, a także wojny domowej i walce z oddziałami admirała Aleksandra Kołczaka.
Ten stan rzeczy utrzymał się do rozpadu Związku Radzieckiego i transformacji jaka dokonała się w Federacji Rosyjskiej w latach dziewięćdziesiątych XX wieku. 6 lutego 1996 r. Orenburska Rada Miasta zaakceptowała, wraz z nowym herbem miasta, projekt flagi. Był to nietypowy, bo kwadratowy materiał w proporcjach (szerokość do długości) – 1:1, który w zasadzie był odwzorowaniem flagi Federacji Rosyjskiej z nałożonym na jej środek herbem Orenburga. 12 października 1996 r. wprowadzono poprawki i nadano fladze bardziej tradycyjne proporcje, 1:2.