Mimo to użycie takiego rodzaju projektu spotkało się z krytyką, gdyż prawo rosyjskie zabraniało wykorzystywania państwowej flagi na flagach regionalnych. Dlatego też 26 marca 1998 r. wygląd flagi został kolejny raz zmieniony. Tym razem uczyniono z niej prostokątny materiał w proporcjach (szerokość do długości) – 1:2, podzielony na trzy poziome pasy. Górny pas w kolorze bieli stanowił 2/3 całej flagi. Środkowy pas w kolorze błękitnym 1/6 całości, a dolny w kolorze czerwonym także 1/6 całości. W górnym polu flagi umieszczony herb miasta Orenburg. Na drzewcu głównej flagi miasta (zawieszonej w budynku merostwa), znajdowała się metalowa tabliczka z inskrypcją zawierającą pełne imię i nazwisko mera oraz jego daty urzędowania. Przy wyborze nowego mera stara tabliczka była przekazywana do muzeum i zastępowana nową, z danymi nowej głowy administracji miasta.