Kilka hipotez w sprawie czasu przybycia „Minieji Czetnej” z XI wieku do Supraśla, [w:] .
Pierwszym przełożonym wspólnoty był Pafnucy (Sieheń). W monasterze przebywało wówczas ok. 40 mnichów.
Tomos sankcjonujący budowę klasztoru wydał patriarcha Konstantynopola Joachim I w 1505. Tomos ten zawierał także wskazania co przyszłej organizacji życia monastycznego. Nakazywał, by wyboru przełożonego dokonywała sama wspólnota, spośród mnichów klasztoru. Zobowiązywał także mnichów do modlitwy za fundatorów, stałego pozostawania na terenie monasteru, niespożywania alkoholu. Celem działania wspólnoty miało być podnoszenie autorytetu prawosławia wśród innowierców. Procedura wyboru przełożonego była nietypowa dla prawosławnych wspólnot I Rzeczypospolitej, oznaczała bowiem rezygnację fundatorów klasztoru z prawa podawania. Akt erekcyjny został potwierdzony również przez króla Aleksandra Jagiellończyka.