W 2009 Kawasaki ER-6n przeszło pierwszy facelifting. Od tego momentu silniki były malowane na czarno. Od tej generacji spotkamy również tylną lampę wykonaną w technologii LED. Modernizacji uległ zestaw wskaźników w których prędkościomierz jest analogowy, a obrotomierz ciekłokrystaliczny. Nowe są m.in. przednia lampa, dolna osłona kolektorów (tzw. pług), przednie kierunkowskazy na bocznych osłonach zostają nieco wydłużone, uchwyty dla pasażera zostają umieszczone niżej, użyto gumowych podkładek stabilizujących silnik w celu zredukowania wibracji całego motocykla.
Trzecia generacja, model 2012-2016 Kod fabryczny: ER650E
W 2012 Kawasaki przedstawiło drugi facelifting modelu ER-6n. Zmieniła się przede wszystkim rama wykonana z podwójnej rury, kierunkowskazy przednie już nie są umieszczone w bocznych owiewkach, lecz klasycznie, przy czaszy przedniej lampy, inny kształt dolnej osłony kolektora oraz tłumika, kanapa od teraz jest dwuczłonowa oddzielna dla kierowcy i pasażera, tylny wahacz ma nowocześniejszy wygląd. Pojemność zbiornika paliwa wzrosła o 0,5l (do 16 litrów).