Potem region ten stał się terenem rywalizacji książąt Pomorza Zachodniego, Wschodniego, Rugii i Brandenburgii.
W 1348 Barnim III Wielki został uznany za bezpośredniego lennika cesarza.
W 1456 (za panowania Warcisława IX) powstał Uniwersytet w Greifswaldzie – pierwszy uniwersytet w księstwie, najstarszy uniwersytet na całym Pomorzu i jeden z najstarszych w krajach nadbałtyckich i w Europie Środkowej.
Wyspa Rugia (Rana) została podbita przez Duńczyków w roku 1168, a książę Jaromir I dał początek dynastii książąt rugijskich rządzących księstwem jako wasale królów duńskich do roku 1325. Potem księstwo rugijskie przypadło dynastii Gryfitów. Formalnie zostało włączone do księstwa pomorskiego w 1478.
Po reformie Rzeszy księstwo pomorskie weszło początkowo w skład okręgu saskiego, a następnie – górnosaskiego.
W 1248 oddzielnym księstwem Rzeszy zostało biskupstwo kamieńskie z siedzibą w Kołobrzegu. W latach 1570–1637 było w rękach książąt pomorskich. Istniało formalnie do 1650 roku.