W trakcie sprzedaży konsoli Atari zapowiedziało powstanie dodatkowych peryferiów, lecz na półki sklepowe trafił tylko napęd CD-ROM, o nieco większej pojemności niż standardowe CD, zwany Atari Jaguar CD oraz JagLink – prosty interfejs umożliwiający grę sieciową na dwóch urządzeniach. Wprawdzie wyprodukowano prototypowe egzemplarze modemu i hełmu Virtual Reality, ale prototypy te nie ujrzały światła dziennego w postaci pełnoprawnych produktów.
Produkcja konsoli została zatrzymana po połączeniu firmy Atari drogą odwrotnego przejęcia z firmą JT StorageAgreement and plan of reorganization – Atari Corporation and JT Storage, Inc. . Po wykupieniu majątku Atari pod koniec lat 90. przez Hasbro Interactive, nowy właściciel udostępnił tajniki kodu Jaguara, otwierając tym samym drzwi domorosłym twórcom oprogramowania.