Trzy lata wcześniej wydana została odrębna instrukcja Synodu dotycząca oddziaływania wychowawczego na uczniów szkół. Wykładowców zobowiązano w niej do łagodnego i serdecznego traktowania alumnów, by wychować ich w duchu rosyjskiego patriotyzmu i osobistej kultury. Zabroniono także używania w szkołach (także w rozmowach prywatnych) języków ukraińskiego i białoruskiego. Efektem wprowadzenia powyższych zaleceń było zwolnienie z pracy w wileńskim seminarium wykładowców nierespektujących ich. W 1896 wprowadzono obowiązek uczestnictwa wychowanków w nabożeństwach cyklu dobowego i czynnego udziału w niedzielnej Świętej Liturgii w charakterze lektorów, psalmistów i chórzystów. Seminarium wileńskie posiadało bogatą bibliotekę, obejmującą księgozbiory monasterów wileńskiego, żyrowickiego i supraskiego (w tym pochodzące z czasów ich przynależności do bazylianów) oraz prywatne zbiory metropolity wileńskiego i litewskiego Józefa.