W 1863 Świątobliwy Synod Rządzący rozważał przekształcenie seminarium w Wilnie w piątą w Imperium RosyjskimPo akademiach Moskiewskiej, Petersburskiej, Kijowskiej i Kazańskiej. Akademię Duchowną dającą możliwość ukończenia pełnych studiów teologicznych, w tym uzyskiwania stopni kandydata, magistra i doktora nauk teologicznych. Absolwenci Akademii mieli być w szczególny sposób przygotowywani do polemiki z Kościołem katolickim, by mogli brać udział w rozszerzaniu wpływów prawosławia na ziemiach zagarniętych drogą trzech zaborów Rzeczypospolitej (co wiązało się z ich rusyfikacją). Plan ten nie został urzeczywistniony z powodu sprzeciwu metropolity moskiewskiego Filareta, w ocenie którego wystarczające byłoby podniesienie poziomu samego seminarium i skupienie się na lepszym przygotowaniu jego absolwentów, białych duchownych, do pracy misyjnej. Projekt powołania Wileńskiej Akademii Duchownej był rozważany ponownie w latach 90. XIX w., jednak tym razem został odrzucony z powodu sprzeciwu biskupa wileńskiego Aleksego. Seminarium działało do 1915, gdy jego wykładowcy razem z całym prawosławnym duchowieństwem Wilna udali się na bieżeństwo.