Zgodnie z zaleceniami Synodu z 1860 liczebność jednego roku słuchaczy nie mogła przekraczać 40 osób. Łącznie w XIX w. seminaria duchowne w Wilnie i Krzemieńcu ukończyło 800 alumnów. Nauka w seminarium była płatna i wynosiła 20 rubli za pierwszy i drugi rok nauki, 15 za trzeci i czwarty oraz 10 za piąty i szósty. Dodatkowo słuchacze wnosili 110 rubli opłaty za obowiązkowe zakwaterowanie w internacie. Wyróżniający się studenci z ubogich rodzin otrzymywali stypendia.
W II Rzeczypospolitej W 1921 władze niepodległej Polski wyraziły zgodę na organizację prawosławnych seminariów duchownych w Krzemieńcu i w WilnieM. Papierzyńska-Turek, Między tradycją a rzeczywistością. Państwo wobec prawosławia 1918–1939, Państwowy Instytut Wydawniczy, Warszawa 1989, s. 279–282. Seminarium wileńskie de facto wznowiło działalność w dotychczasowej siedzibie już dwa lata wcześniej. W placówce kształcili się kandydaci na duchownych pochodzący z diecezji wileńsko-lidzkiej, diecezji grodzieńskiej oraz pińsko-poleskiejM. Papierzyńska-Turek, Między tradycją a rzeczywistością. Państwo wobec prawosławia 1918–1939, Państwowy Instytut Wydawniczy, Warszawa 1989, s. 283–285. W państwie polskim seminarium zachowało rosyjski charakter, jaki posiadało w poprzednim stuleciu.