W latach 1861–1862 poszerzono (poza niektórymi wyjątkami) linie oddziałowe do 3 sążni (1 sążeń to 2,13 m). W latach tych dokonano nowego pomiaru powierzchni Puszczy, który wykazał, że powierzchnia zmniejszyła się o 3741 hektarów, wzrosła natomiast powierzchnia gruntów użytkowanych oraz powierzchnia nieużytków. Według pomiarów dokonanych w latach 1870–1871 powierzchnia Puszczy zmniejszyła się o dalsze 20 820,6 hektarów (w stosunku do poprzednich pomiarów).
W drugiej połowie XIX w zagęszczono oddziały co wiorstę. Uczyniło to Puszczę łatwiej dostępną. Dzisiaj znaczna część tych dróg jest już zarośnięta, choć w dalszym ciągu są pokazywane na mapach turystycznych.
W 1888 roku została włączona do osobistych dóbr cara, co ratowało Puszczę przed eksploatacją. W latach 1891–1907 sprowadzono do Puszczy jelenie, sarny, łosie z Syberii, Kaukazu, Niemiec, Austrii i Czech. Stan zwierzyny przekroczył naturalne możliwości Puszczy. Intensywna gospodarka łowiecka, połączona z wypasem bydła i zbieraniem owoców runa leśnego trwała trzydzieści lat. W 1897 roku wstrzymano całkowicie wyrąb drewna.
W 1897 roku otwarta została linia kolejowa przez Puszczę do samej Białowieży, a w 1903 roku wojskowa szosa strategiczna.