thumb|Jeden z kurhanów w kwadracie 387C Chociaż w Puszczy Białowieskiej zachowały się ostatnie naturalne fragmenty pierwotnego lasu, jest ona użytkowana przez człowieka od tysiąca lat i wielokrotnie była narażona na zniszczenie.
Najstarszym zachowanym świadectwem po obecności człowieka na terenie Puszczy są kurhany, których stanowiska zachowały się w rezerwacie Szczekotowo, w okolicach Starej Białowieży oraz Przedzielnej. Pochodzą one z wieków X–XIII. W drugiej połowie XIII wieku najazdy litewskie zahamowały rozwój osadnictwa na wiele lat.
Jedną z najstarszych form użytkowania Puszczy było łowiectwo. Pierwsze królewskie polowanie Władysława Jagiełły odbyło się jesienią 1409 roku i przeciągnęło przez całą zimę.
I Rzeczpospolita thumb|Plan drugi Traktu z Białowieży do Krynicy
Osadnictwo, które rozwijało się od połowy XVII wieku wiązało się z karczowaniem lasów, co prowadziło do zmniejszenia stanu posiadania gatunków, a ponieważ pod pola oraz przyszłe osady w pierwszej kolejności zajmowano siedliska grądów oraz dąbrów, karczunek dotyczył najczęściej gatunków liściastych takich, jak dąb, lipa, klon oraz grab. Park Pałacowy w Białowieży znajduje się w miejscu, gdzie dawniej była dąbrowa świetlista, natomiast właściwe osiedle zajęło miejsce dawnych grądów. Liczne, głębokie żwirownie pochłonęły w Puszczy kolejne stanowiska dąbrów. Według Falińskiego od połowy XVII wieku do końca XX wieku powierzchnia Puszczy Białowieskiej zmniejszyła się z 1664 km² do 911 km² (nie licząc Puszczy Ladzkiej i Świsłockiej), co oznacza spadek o 45%.
Zarządzanie Puszczą bierze swój początek w XV wieku, powołano wtedy namiestników, którzy byli agentami gospodarczo-finansowymi wielkiego księcia litewskiego.
Wraz z wejściem Puszczy w 1589 roku w skład królewskich dóbr stołowych zaczęło się kontrolowane użytkowanie Puszczy poprzez „wchody”, czyli prawo użytkowania lasu. Systematyczna eksploatacja rozpoczęła się w XVII wieku. Nad Narewką i Niemierzanką powstały zakłady wytapiające żelazo z rudy darniowej. Rozwija się produkcja smoły i potażu, wykorzystywanego dla produkcji szkła i mydła. Gruntowną reformę w zarządzaniu Puszczą wprowadził w XVIII wieku podskarbi litewski Antoni Tyzenhauz. Uruchomił on nowe ośrodki dostarczające przetworzone produkty leśne: węgiel drzewny, smoła drzewna, dziegieć, popiół, potaż. Wówczas wewnątrz Puszczy powstały osady przemysłowe Budy, Pogorzelce i Teremiski, a do pracy w przemyśle leśnym sprowadzono specjalnie ludność z Mazowsza. Osady puszczańskie zakładane były na ziemiach królewskich w dobrach stołowych. Zajmują one łącznie około 1 km² powierzchni. Tyzenhauz zarządzał Puszczą w latach 1765–1780, w tym okresie pozyskiwano w puszczy drewno. Szacuje się, że w roku, gdy spławiono 60 tratew (1779/1780) nie zbliżono się do wielkości 40 tysięcy m³, wliczając w to drzewa wycięte na potrzeby lokalne, a zwykle było to około 10 tysięcy m³.
W 1796 roku działały w Puszczy 82 piece ziemne, w których pędzono dziegieć, smołę i wypalano węgiel drzewny.
Zabór rosyjski thumb|Podział administracyjny Puszczy po roku 1796. Wbity trójkątny klin ze wschodu, to pozostałość po rabunkowej eksploatacji, do której doprowadziła Katarzyna II thumb|Jedna z tryb na terenie BPN thumb|Dubiacka Tryba (2 grudzień 2000) Ostatni wielki karczunek dokonany został za sprawą carycy Katarzyny II, która po powstaniu kościuszkowskim rozdała Puszczę swoim faworytom. Wycięto wtedy w krótkim czasie 40 000 ha lasu, tj. prawie 1/4 ówczesnej Puszczy.
W 1797 roku car Paweł I rozkazał wybić wszystkie łosie, aby z ich skóry sporządzić spodnie dla żołnierzy.
W XIX wieku wzrosła liczba ludności mieszkająca w osadach na terenach Puszczy i odtąd przekraczała tysiąc mieszkańców.
Pod okupacją rosyjską początkowo pozyskiwano w Puszczy drewno na maszty i na budulec, ale ze względu na wysokie koszta Departament Lasów Okrętowych zrezygnował z pozyskiwania drewna w Puszczy ze względów ekonomicznych. Nieopłacalność była rezultatem korupcji i niegospodarności carskiej administracji.
W 1820 roku Aleksander I zakazał wszelkich cięć Puszczy, ponieważ obawiał się, że odgłosy siekier drwali mogą wypłoszyć żubry. Stan ten utrzymywał się krótko, tylko przez osiem lat.
W latach 1843–1846 przeprowadzono prace urządzeniowe. Podzielono Puszczę na dwuwiorstowe oddziały (wiorsta – 1066,78 metrów), tj. system dróg (tzw. tryby) biegnących przez Puszczę południkowo oraz równoleżnikowo. Każdy oddział miał kształt prostokąta o powierzchni 2 wiorst kwadratowych (tj. 227,6 ha). Liczba oddziałów wynosiła 451, ponadto 125 oddziałów w Puszczy Świsłockiej. Przerębywanie linii trwało pięć lat i dokonywane było w oparciu o pomiary z lat 1843–1846. Większość oddziałów w północnej części Puszczy odchylała się od linii prostej. Wedle przeprowadzonych wtedy pomiarów powierzchnia Puszczy wynosiła 122 447 hektarów.
W latach 1861–1862 poszerzono (poza niektórymi wyjątkami) linie oddziałowe do 3 sążni (1 sążeń to 2,13 m). W latach tych dokonano nowego pomiaru powierzchni Puszczy, który wykazał, że powierzchnia zmniejszyła się o 3741 hektarów, wzrosła natomiast powierzchnia gruntów użytkowanych oraz powierzchnia nieużytków. Według pomiarów dokonanych w latach 1870–1871 powierzchnia Puszczy zmniejszyła się o dalsze 20 820,6 hektarów (w stosunku do poprzednich pomiarów).
W drugiej połowie XIX w zagęszczono oddziały co wiorstę. Uczyniło to Puszczę łatwiej dostępną. Dzisiaj znaczna część tych dróg jest już zarośnięta, choć w dalszym ciągu są pokazywane na mapach turystycznych.
W 1888 roku została włączona do osobistych dóbr cara, co ratowało Puszczę przed eksploatacją. W latach 1891–1907 sprowadzono do Puszczy jelenie, sarny, łosie z Syberii, Kaukazu, Niemiec, Austrii i Czech. Stan zwierzyny przekroczył naturalne możliwości Puszczy. Intensywna gospodarka łowiecka, połączona z wypasem bydła i zbieraniem owoców runa leśnego trwała trzydzieści lat. W 1897 roku wstrzymano całkowicie wyrąb drewna.
W 1897 roku otwarta została linia kolejowa przez Puszczę do samej Białowieży, a w 1903 roku wojskowa szosa strategiczna. W XIX wieku liczba domostw w Puszczy wzrosła z 1050 na początku wieku do 2839 pod koniec.
W czasach okupacji rosyjskiej roczny wyręb nigdy nie przekraczał 10 tysięcy m³ drewna. Niewielkie pozyskiwanie drewna i nieznaczne wpływy z jego sprzedaży wynikały z łowieckiego charakteru Puszczy.
W 1888 roku wypasano 6348 sztuk bydła. Konie nie były wypasane w Puszczy, natomiast woły okresowo i dlatego 2 sztuki traktowano jako równoważnik 1 dużej sztuki bydła. Świnie i owce wypasano bez zezwolenia.
Uboczną formą użytkowania Puszczy było zbieranie jagód, orzechów i grzybów. Na zbiór zezwalano osobom, które wykupiły bilet za 60 kopiejek. W 1889 roku wydano 1546 biletów. Bilety wydawano osobom zatrudnianym przy budowie grobli oraz naprawie dróg.
Jeszcze inną formą użytkowana było bartnictwo. Najczęstszym drzewem bartnym była sosna (chwoja). Wybierano sosnę o gładkiej i płytko spękanej korze, spróchniałą wewnątrz i hubkami na zewnątrz, próchno musiało być złote, bo czerwonego pszczoły unikały. Miód używano jako lekarstwo dla chorych lub przysmak dla dzieci. Z wosku sporządzano świecie. Miód i wosk skupywali Żydzi. Za garnek miodu płacono dwa ruble i więcej. Cena wyjątkowo dobrego lipcowego miodu dochodziła do 15 rubli. W 1888 roku Puszcza stała się prywatną własnością cara, a bartników stopniowo usunięto.
Plądrowanie Po przegranej wojnie z Japonią (1904–1905) carat postanowił wprowadzić rozwiniętą eksploatację Puszczy na wielką skalę, na wzór państw zachodnioeuropejskich. W 1911 roku przysłano tu w związku z tym geometrów, rachmistrzów, by oszacować zasoby Puszczy oraz przyszłe zyski czerpane z eksploatacji. Zamiaru wielkiej eksploatacji nie zdążono wprowadzić w czyn ponieważ w sierpniu 1915 roku do Białowieży wkroczyła armia niemiecka.
thumb|Zbudowany przez Niemców Kosy Most Niemcy oszacowali zapas drewna na 32 mln 600 tys. m³. By ułatwić eksploatację wybudowano sieć 300 km kolejek wąskotorowych. W ciągu trzech i pół lat, przerobiono i wysłano do Niemiec prawie 5 mln m³Liczbę taką podał Jan Jerzy Karpiński i jest powtarzana w większości publikacji. Więcko twierdził, że Niemcy wycięły 2,6 mln m³ drewna.. 400 tysięcy m³ drewna nie zdążono wysłać do Niemiec. Zrębami zupełnymi ogołocono 6500 ha, a częściowymi 10 tysięcy ha. Najbardziej przetrzebiono te partie puszczańskich lasów, które znajdowały się przy kolei normalnotorowej oraz przy kolejce wąskotorowej. Niemcy zbudowali kilka tartaków: 10-trakowy w Hajnówce, 3-trakowy w Czerlonce, 4-trakowy w Gródku, 2-trakowy w Nowym Mieście i 1-trakowy w Narewce. W Hajnówce uruchomiono fabrykę wełny drzewnej, stolarnię mechaniczną oraz fabrykę składanych domów. Zbudowano największe w Europie zakłady suchej destylacji drewna.
Po wycofaniu Niemców, którzy zdemontowali niektóre zakłady (np. z tartaku w Hajnówce zabrano dwie maszyny parowe), Puszcza przez sześć tygodni znajdowała się pod zarządem litewskim. Niemcy pozostawili po sobie wielką ilość niedorębów, posuszu i odpadów, co spowodowało inwazję korników. Najbardziej ucierpiały świerczyny Nadleśnictwa Hajnówki, gdzie korniki uszkodziły 350 tysięcy m³ drewna (łącznie z leżaniną). Prowadzona w latach 1919–1923 gospodarka Puszczy zmierzała w pierwszej kolejności do likwidacji negatywnych skutków niemieckiej okupacji.
thumb|Kolejka wąskotorowa Hajnówka – Topiło wybudowana przez „Centurę” Nowo powstałe państwo polskie niezbyt jeszcze interesowało się ochroną przyrody i w 1924 roku wydzierżawiło Puszczę angielskiej firmie The Century European Timber Corporation, potocznie nazywanej „Centurą”. Firma ta dostała dziesięcioletnią koncesję na wyrąb 7,2 mln m³ drewna nad Niemnem i w Puszczy Białowieskiej, w tym z samej Puszczy 4 mln m³. Planowano wyciąć drzewa na powierzchni 20 tysięcy hektarów. Wykorzystywano sieć wybudowanej przez Niemców kolejki wąskotorowej, wybudowano też nowe linie kolejki (między innymi kolejkę na Topiło). Firma wycięła i wywiozła ponad 2,5 mln m³ drewna przeważnie w postaci tarcicy. Tarcicę uzyskiwano w firmowych tartakach w Gródkach koło Białowieży i na Stoczku w Białowieży. Pod zarządem „Century” znalazł się jeden z największych tartaków ówczesnej Polski – zakład tartaczny w Hajnówce. W tartaku tym powstała filia firmy o nazwie „Century Timber Company Ltd. – Polska Spółka Drzewna Century”, produkująca tarcicę wysokiej jakości przeznaczoną na rynek angielski. Pod wpływem opinii publicznej oraz niedopełnieniu warunków umowy przez firmę, w 1929 roku podjęto decyzję o zerwaniu kontraktu z angielską firmą.
Eksploatacja ominęła utworzony w 1921 roku rezerwat ścisły o powierzchni 5300 hektarów. Mieścił się w widłach rzek Narewki oraz Hwoźnej, było to ostatnie nie eksploatowane miejsce w Puszczy. W 1932 roku przekształcony został w Park Narodowy. Powołano trzy instytuty naukoweChristian Kempf, Białowieża, Białowieża 2004, s. 32..
thumb|Słupek z numerami kwartałów W latach 1929–1930 dawny wiorstowy podział Puszczy został uzupełniony przez przecięcie na krzyż nowymi liniami (w obrębie każdego wiorstowego kwartału powstały mniejsze – A, B, C, D). Pominięto jedynie BPN, który utrzymał podział wiorstowy do 1985 roku. Liczba pełnych oddziałów wynosiła 924, ponadto 224 oddziałów w Puszczy Świsłockiej. Puszcza Ladzka i Szereszewska miały odrębny system numeracji oddziałów.
W 1930 roku zapas rzeczywisty drzewostanów w Puszczy oszacowano na 16.217 tysięcy m³, co dawało 187 m³/ha. Przyrost przeciętny roczny określono na 2,25 m³ drewna na jednym hektarze, a pozyskanie na 4,20 m³ drewna z hektara. Rozmiar użytkowania rębnego bez zaliczenia powierzchni określono na 296 900 m³ drewna rocznie.
W latach 1929–1932 pobito o 23% ustanowione przez Niemców i Anglików rekordy rocznego pozyskiwania drewna.