Pomiędzy marcem a majem 1956 pełnił obowiązki kierownika Katedry i Kliniki Chorób Dziecięcych Akademii Medycznej w Białymstoku, na czas choroby profesora Andrzeja Kańskiego.
15 grudnia 1956 powołana została w Poznaniu II Klinika Chorób Dzieci, której organizację i kierownictwo powierzono Olechowi Szczepskiemu. W 1960 został wybrany dziekanem Wydziału Lekarskiego Akademii Medycznej, w 1961 otrzymał stanowisko profesora nadzwyczajnego, zaś w 1962 roku został wybrany rektorem Akademii Medycznej. 30 grudnia 1966 roku otrzymał tytuł profesora zwyczajnego nauk medycznych. W 1968 roku został pełnomocnikiem Ministra Zdrowia i Opieki Społecznej ds. Instytutu Pediatrii w Krakowie i kierował nim do końca czerwca następnego roku. Po powrocie do Poznania został dyrektorem powstającego tam Instytutu Pediatrii, którego otwarcie nastąpiło w 1972 roku. 6 stycznia 1975 roku Akademia Medyczna w Poznaniu nadała mu tytuł doktora honoris causa. W 1976 roku został członkiem rzeczywistym Polskiej Akademii Nauk, od 1977 roku był przewodniczącym Rady Naukowej Centrum Zdrowia Dziecka.