Niemcy oskarżyli go o wrogość do III Rzeszy i obciążyli odpowiedzialnością za tzw. „krwawą niedzielę”, iż „nie użył swojego stanowiska służbowego i wpływu osobistego, aby zapobiec panującym tutaj (w Bydgoszczy) w dniach 3 i 4 września rozruchom”. Po miesięcznym pobycie w więzieniu gestapo przy ul. Poniatowskiego, podczas którego był torturowany i poniżany, został 11 listopada 1939 „rozstrzelany w trybie doraźnym”. Miejsce jego kaźni nie zostało dokładnie ustalone.
Życie prywatne Leon Barciszewski od 1920 był żonaty z Zofią z Szynaków (1897–1975), córką Mariana Szynaki, działacza Związku Przemysłowców w Berlinie i współzałożyciela Związku Polaków w Niemczech. Miał syna Janusza (ur. 1921) i córkę Danutę (1925–2015), zamężną Borkowską. Syn Janusz (w 1939 maturzysta) został zamordowany wspólnie z ojcem przez hitlerowców w nieudokumentowanym miejscu. Podczas pobytu w Bydgoszczy zamieszkiwał dom przy ul. Wały Jagiellońskie.
Ordery i odznaczenia Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski (11 listopada 1936) „za zasługi na polu pracy społecznej”. Złoty Krzyż Zasługi (10 maja 1937) „za zasługi w służbie samorządowej i na