Mord na prezydencie Wybuch II wojny światowej nie był dla Barciszewskiego zaskoczeniem. Już w 1938 był przekonany o jej nieuchronności, jednak nie dopuszczał do siebie myśli, że Polska może ponieść klęskę. 3 września 1939 opuścił Bydgoszcz i udał się do Włocławka na naradę prezydentów miast, którą zwołał wojewoda pomorski. Tam zarządzono dalszą ewakuację. Barciszewski udał się początkowo do Warszawy, gdzie połączył się z rodziną, a następnie do Lwowa i nadgranicznych Zaleszczyk. Tutaj dowiedziawszy się o przeprowadzonej przez okupantów niemieckich krwawej eksterminacji ludności polskiej w Bydgoszczy i o posądzeniach jego osoby o rzekome przywłaszczenie pieniędzy z kasy miejskiej, pomimo ostrzeżeń przyjaciół wrócił, jak sam się wyraził, do Bydgoszczy „na Golgotę”, aby być razem z jej mieszkańcami w najtrudniejszych chwilach. Dotarł do Bydgoszczy 9 października 1939 i zatrzymał się u krewnych przy ul. Długiej. W dwie godziny po jego przybyciu gestapo aresztowało go wraz z żoną i synem i przewiozło do więzienia przy ul. Poniatowskiego.