27 września 1986 Stolica Apostolska wydała dekret o ważności procesu informacyjnego, a następnie w 1987 złożono tzw. positio wymagane w postępowaniu beatyfikacyjnym. Po odbytej 24 marca 1987 sesji konsultorów teologicznych oraz 28 kwietnia tegoż roku sesji kardynałów i biskupów Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych, papież Jan Paweł II, 8 maja 1987 zezwolił na promulgowanie dekretu o jego męczeństwie, co otworzyło drogę do beatyfikacji. Od tej pory przysługiwał mu tytuł czcigodnego sługi Bożego. 14 czerwca 1987 został beatyfikowany w Warszawie podczas uroczystej mszy świętej, zamykającej II Krajowy Kongres Eucharystyczny przez papieża Jana Pawła II podczas jego pielgrzymki do Polski. W homilii papież powiedział m.in.:
Upamiętnienie 8 października 2002 roku Rada Miasta Włocławka promulgowała uznanie przez Stolicę Apostolską Michała Kozala za patrona miasta, a 9 czerwca 2013 został ogłoszony patronem miasta i gminy Krotoszyn. Jest patronem Wyższego Seminarium Duchownego w Bydgoszczy, Prymasowskiego Wyższego Seminarium Duchownego w Gnieźnie i współpatronem od 2004 diecezji bydgoskiej. Wspomnienie liturgiczne bł. Michała Kozala w Kościele rzymskokatolickim obchodzone jest 14 czerwca.