Prześladowanie i śmierć męczeńska Był trzykrotnie wzywany na gestapo. Pierwsze wezwanie otrzymał jeszcze w październiku 1939 roku, na które stawił się wraz z księdzem Franciszkiem Korszyńskim. Gestapowcy zażądali przedłożenia spisu księży, podania godzin odprawianych nabożeństw oraz nakazali głoszenie kazań po niemiecku. Pierwsze dwa żądania zostały spełnione jednak księża odmówili trzeciemu argumentując to nieznajomością języka niemieckiego przez parafian. Niemcy wobec tego zażądali sporządzania tłumaczeń polskich kazań na niemiecki i przekazywanie ich w formie pisemnej policji.
Później jeszcze dwukrotnie wzywało go gestapo. Ostatni raz 7 listopada 1939 kiedy to Niemcy aresztowali wszystkich włocławskich duchownych i alumnów (łącznie 44 osoby). Aresztowanych księży zaprowadzono do więzienia miejskiego i zamknięto ich w kaplicy więziennej, a biskupa Kozala w izolatce na gołym betonie, gdzie w nocy strażnicy próbowali go złamać psychicznie waleniem w drzwi, pobudkami oraz przeładowywaniem w jego obecności broni sugerując wyprowadzanie na egzekucję.