16 stycznia 1940 Michał Kozal został przewieziony z włocławskiego więzienia do przejściowego obozu, pocysterskiego klasztoru w Lądzie nad Wartą. Podczas transportu odbywającego się w mrozie minus 21 stopni doznał odmrożeń uszu, nosa i nóg. W lądzkim klasztorze więzieni księża mieli relatywnie dobre warunki m.in. mogli korzystać z ogrodu oraz całego budynku klasztornego. Przebywali tam do 3 kwietnia 1941. W międzyczasie Stolica Apostolska poczyniła zabiegi dyplomatyczne, aby Kozal objął urząd biskupa lubelskiego, przyjął obywatelstwo niemieckie lub wyjechał z własnej woli do Generalnego Gubernatorstwa. Propozycje te spotkały się jednak z jego stanowczą odmową.
3 kwietnia 1941 roku biskup Kozal wraz z innymi księżmi został przewieziony do więzienia w Inowrocławiu. Podczas wsiadania i wysiadania z ciężarówek księża byli bici przez strażników kijami. Również w czasie przesłuchań w inowrocławskim więzieniu używano tej formy represji. Już podczas pierwszego przesłuchania gestapo pobiło Kozala, uszkadzając mu ucho wewnętrzne, w wyniku czego wywiązało się zapalenie.