Najbardziej niechętni Pol Potowi pozostawali Czerwoni Khmerzy w Strefie Wschodniej. W maju 1978 roku rozpoczęli oni antyrządowe powstanie. Pol Pot nakazał stłumić wystąpienie, a całą ludność przedstawił jako mających „wietnamskie dusze w khmerskich ciałach” traktować jako element obcy. W ramach represji zginęło od 250 do 400 tysięcy mieszkańców strefy objętej rebelią, wielu mieszkańców zostało deportowanych do innych stref.
Liczba ofiar ludobójstwa