Polityka terroru i ludobójstwo thumb|230px|Pol Pot Zaraz po przejęciu władzy Czerwoni Khmerzy przystąpili do realizacji swoich koncepcji. Zamknięto szkoły, szpitale i fabryki, zlikwidowano banki i w ogóle pieniądz, zdelegalizowano religię, zlikwidowano własność prywatną, zaś ludność miast wyrzucono siłą na tereny wiejskie do tzw. kolektywnych gospodarstw rolnych, które były de facto obozami pracy przymusowej. Polityka ta, znana jako „Rok Zerowy”, doprowadziła do śmierci ogromnej liczby osób, zarówno wskutek zagłodzenia, jak i przepracowania i egzekucji. Czerwoni Khmerzy systematycznie mordowali wszystkie osoby, które miały jakiekolwiek powiązanie z poprzednim reżimem, a także fachowców i intelektualistów – zabijano nawet za sam fakt posiadania okularów lub zbyt delikatnych dłoni. Ofiarą padły również mniejszości narodowe, w największym stopniu – wietnamska.
Polityka terroru prowadzona przez klikę Pol Pota spowodowała rozłam w ruchu Czerwonych Khmerów, a oporni działacze ruchu byli fizycznie eliminowani przez polpotystów. Ofiarami czystek stali się między innymi pełniący urząd wicepremiera Vorn Vet czy Koy Thuon będący ministrem handlu wewnętrznego.