Transept nie jest wystaje poza linie obu naw bocznych, jedynie jego sklepienie jest wyższe. Triforium w transepcie jest, podobnie jak w prezbiterium, bardziej dekoracyjne, niż triforium w nawie głównej; to samo dotyczy kapiteli. Różnice te można wyjaśnić coraz bardziej naglącym brakiem funduszy, w miarę jak budowa kościoła zbliżała się do końca.
Dwuprzęsłowe prezbiterium zostało zbudowane z żółtego kamienia, przez co odróżnia się kolorystycznie od naw. Źródła historyczne wskazują, iż taki kolor miało ono w średniowieczu; kolor ten przywrócono podczas restauracji świątyni w latach 1988–1995. Wysokie, trójdzielne okna, oświetlające wnętrze prezbiterium zwieńczone są rozetami.
Organy Najstarsza wzmianka o organach sięga roku 1572, kiedy to François des Oliviers dokonał naprawy małego instrumentu znajdującego się w lektorium. W kwietniu 1632 roku Simon Duprey otrzymał zlecenie zbudowania nowych organów; ponieważ zmarł kilka miesięcy później, instrument został zbudowany przez jego spadkobierców i Jeana d'Herville i zainstalowany w lektorium 12 września tego samego roku. Używany był głównie przez zakonników.