W 1740 roku zakonnicy postanowili zbudować nowy instrument. Dębowy prospekt organowy w stylu Ludwika XV, sięgający prawie do sklepienia wykonali stolarze i rzeźbiarze z Dijon, Edme i Guillaume Marlet. Prospekt zdobiły rzeźby muzykujących aniołów. Same organy zbudował w latach 1740–1745 pochodzący z Ottobeuren w Szwabii Karl Joseph Riepp z pomocą swego brata Ruperta. Był to największy instrument na francuskiej prowincji, posiadający 45 głosów podzielonych na cztery manuały i pedał oraz 32-stopowy pryncypał w manuale Grand-Orgue. Instrument został odebrany przez Dom Bédosa i Claude’a Rameau, pierwszego tytularnego organistę kościoła św. Benigna. W latach 1787–1788 Jean Richard z Troyes przebudował instrument. W 1798 roku tytularny organista Joseph Dominique Parin zasugerował organmistrzowi François Callinetowi dokonanie kilku modyfikacji w zestawie głosów. thumb|242px|Prospekt organowy W latach 1846–1848 firma organmistrzowska Daublaine-Callinet dokonała renowacji organów zachowując większość piszczałek i dodając kilka nowych.