W 1886 przeprowadzono rozbudowę świątyni, a także pomieszczeń piwniczych, tak by mogły pomieścić więcej sprzętów liturgicznych i rosnącej dokumentacji cerkiewnej związanej z pobliskim cmentarzem. 27 grudnia 1886 poświęcono ulokowaną w nowej północnej części kaplicę z ikoną św. Mikołaja Cudotwórcy, a 3 czerwca 1888 południową kaplicę z ikoną Matki Boskiej „Ukój Mój Smutek”, którą przeniesiono tu z innej świątyni. Z uwagi na swoją lokalizację przy cmentarzu Iwanowskim, oprócz pełnienia roli świątyni dla okolicznych wiernych, służyła także jako cerkiew dla odprawiania nabożeństw żałobnych. Na fasadzie świątyni umieszczono wizerunki świętych, a główny ikonostas wykonany był z drewna w stylu eklektycznym.
W 1914 przy cerkwi powstał nowy cmentarz, na którym grzebano ofiary I wojny światowej oraz kolejnych konfliktów zbrojnych i prześladowań, m.in. rosyjskiej wojny domowej. W 1922 w czasie akcji konfiskowania majątku Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego cerkiew św. Jana Chrzciciela została ogołocona z 15,5 kilogramów srebra. W 1923 świątynia została zajęta przez ruch odnowicielstwa, Żywą Cerkiew. W 1925 po śmierci patriarchy Tichona duchowieństwo i wierni skupieni wokół cerkwi nie uznali zarządzających Rosyjskim Kościołem Prawosławnym locum tenens metropolitów Sergiusza i Piotra, lecz przeszli na stronę grigoriewców.