Mimo to sąd podjął decyzję o aresztowaniu Katarzyny Paprockiej i poddaniu jej torturom. Obrońca Paprockiej zażądał apelacji do sądu grodzkiego i starosty bydgoskiego, Jerzego Ossolińskiego z Tęczyna, dzięki czemu proces zawieszono do 16 lipca. Wkrótce okazało się jednak, że rada miasta Chełmna odwołała pozytywną opinię wydaną o Katarzynie Paprockiej, gdyż jedna z kobiet z Chełmna, oskarżona o czary, wskazała podczas tortur Paprocką jako uczestniczkę sabatów na Łysej Górze. Apelacja została oddalona, a Paprocka, która twierdziła, że jest niewinna, 31 lipca została po raz pierwszy poddana torturom. Torturowano ją m.in. poprzez przypalanie ciała, wyłamywanie kości ze stawów oraz miażdżenie stóp. Paprocka zaczęła zeznawać (m.in. o stosowanych przez nią praktykach magicznych), jednak nie potwierdziła, iż przyczyniła się do śmierci Adama Zawarcińskiego. Twierdziła, że kochała męża i chciała mu przywrócić zdrowie. Następnej serii tortur, wyznaczonej na 16 sierpnia, nie przeprowadzono z uwagi na zły stan zdrowia kobiety.