thumb|250px|Kościół Anglikański w Sagamu. thumb|250px|Kościół Baptystyczny Yaba, w Lagos. Protestantyzm w Nigerii – składa się z ponad 4000 denominacji funkcjonujących w Nigerii. Według różnych statystyk obejmuje od 26 do 42% ludności Nigerii (wliczając rodzime Kościoły afrochrześcijańskie). Szczególnie popularny wśród ludności Joruba, Ijaw i Edo.
Najwięcej wiernych (ponad 10 mln) posiadają anglikanie, zielonoświątkowcy i rodzime Kościoły afrykańskie. Inne wspólnoty liczące więcej jak 1 milion wiernych to: baptyści, Ewangeliczny Kościół Zachodniej Afryki, metodyści, Kościoły Chrystusowe, kalwini i luteranie.
Historia Jako jeden z pierwszych chrześcijańską działalność misjonarską w Nigerii prowadził pastor metodystyczny Thomas Birch Freeman, który przybył do kraju we wrześniu 1842 roku. W ślad za nim poszedł Henry Townsend z Kościelnego Towarzystwa Misyjnego (Church Missionary Society) w grudniu 1842 roku. Społeczność w Badagri była jednak wrogo nastawiona do misjonarzy, stąd większość misjonarzy wyjechało do Abeokuta. Do końca XIX wieku przybyli także baptyści i anglikanie.