W latach 1804–1805 do świątyni dobudowano nową wieżę po stronie zachodniej, a w latach 1840-1855 kościół przeszedł gruntowny remont. W roku 1882 strawił przykościelny przytułek i od tego czasu kościół, który był do tego czasu kościołem szpitalnym, stracił swą funkcję. W czasie zaborów msze święte były odprawiane jedynie okazjonalnie; w odpust św. Jerzego, w święto Matki Bożej Bolesnej oraz w Dni Krzyżowe i Dzień Zaduszny. Po kasacji zakonu jezuitów w 1773 roku w Cieszynie i na Śląsku Cieszyńskim zaczął dominować język czeski (co wiązało się m.in. z odprawianiem nabożeństw w tym języku). Jezuici czescy rozszerzyli kult św. Jana Nepomucena, co jest powiązane z ustawieniem figury świętego po prawej stronie od wejścia do kościoła.
Po I wojnie światowej kościołem opiekowali się niemieccy katolicy i w tym czasie odbywały się msze niedzielne święte w języku niemieckim. Na początku XX wieku został ufundowany kolejny dzwon kościelny, który został konsekrowany jesienią 1922.