W trakcie okupacji niemieckiej msze święte odbywają się jedynie z okazji odpustu na św. Jerzego i w święto Matki Bożej Bolesnej. W maju 1945 cofające się wojska niemieckie wysadziły pobliski most na Bobrówce. W wyniku eksplozji w kościele został zniszczone wszystkie witraże, zerwana część dachu i wystąpiło pęknięcie sklepienia. Remont kościoła nastąpił w latach 1950-1953 i był dozorowany przez proboszcza cieszyńskiego ks. Lichotę. W 1961 roku, w obawie przed wpływami Kościoła Narodowego rozpoczęto regularne niedzielne nabożeństwa. Latem 1973 w kościele odbył się remont kapitalny, gdyż już w roku kolejnym kościół obchodził jubileusz 550-lecia istnienia. Z tej okazji, w dniu 1 września 1974 roku odbył się uroczysta msza święta koncelebrowana przez ks. biskupa Józefa Kurpasa na mszy św. koncelebrowanej. W latach 2013–2014 konserwatorki Elżbieta Lach i Katarzyna Mrowiec przeprowadziły prace i badania, w wyniku których odkryto pod tynkami stare polichromie, przede wszystkim gotyckie przedstawienie w technice wapiennej Męczeństwa Dziesięciu Tysięcy na górze Ararat z Żywym Krzyżem (ściana północna nawy).