W latach 1889–1890 rozpoczęty został druk dzieł zebranych Leskowa, ukończony po śmierci twórcy. VI tom edycji, zawierający większość tekstów pisarza o wydźwięku antyklerykalnym, został skonfiskowany przez cenzurę. Wydarzenie to sprawiło, że literat gwałtownie podupadł na zdrowiu i w nocy z 20 na 21 lutego 1895 zmarł wskutek zapalenia płuc. Został pochowany w Kwaterze Literatów na Cmentarzu Wołkowskim. W swoim testamencie poprosił o przeprowadzenie pogrzebu możliwie najskromniej.
Życie prywatne