Po zakończeniu kariery piłkarskiej Aragonés został dyrektorem sportowym boliwijskiej drużyny Club Blooming. Później współpracował jako asystent trenera z Raúlem Pino i Alcidesem Silveirą. Samodzielną pracę szkoleniowca rozpoczął w 1991 roku, kiedy to objął zespół Real Santa Cruz i prowadził go przez kolejne kilka miesięcy bez większych sukcesów. W 1992 roku został szkoleniowcem ekipy The Strongest z miasta La Paz i podczas sezonu 1993 zdobył z nią mistrzostwo Boliwii. Zaraz po tym sukcesie odszedł z drużyny, zostając asystentem Xabiera Azkargorty, selekcjonera reprezentacji Boliwii, kwalifikując się z nią na organizowane w Stanach Zjednoczonych Mistrzostwa Świata 1994, gdzie jego kadra odpadła w fazie grupowej. Później był także asystentem kolejnych szkoleniowców reprezentacji, Dušana Draškovicia oraz Antonio Lópeza, któremu w 1997 roku pomógł w dotarciu do finału rozgrywanego w Boliwii turnieju Copa América. Równocześnie prowadził reprezentacje młodzieżowe.