W 1997 roku Aragonés podpisał umowę z drużyną Club Blooming, którą prowadził z sukcesami przez kolejne kilka lat. W sezonie 1998 wywalczył z nim mistrzostwo Boliwii, a rok później, podczas rozgrywek 1999 powtórzył to osiągnięcie. W lutym 2000 został nowym selekcjonerem reprezentacji Boliwii, zastępując na tym stanowisku Héctora Veirę. W tej roli w 2001 roku wziął udział w Copa América, gdzie jego kadra po trzech porażkach nie zdołała wyjść z grupy, co zaowocowało rezygnacją Aragonésa z pracy w kadrze. W 2003 roku ponownie został szkoleniowcem Bloomingu, jednak tym razem notował z nim dużo gorsze wyniki i odszedł ze stanowiska parę miesięcy później. W 2004 roku prowadził Oriente Petrolero, a w 2005 roku Club Jorge Wilstermann, lecz nie potrafił nawiązać do sukcesów odnoszonych w The Strongest i Bloomingiem.
W 2005 roku Aragonés został trenerem Club Bolívar, którego barwy reprezentował już jako piłkarz. W jesiennym sezonie Apertura 2005 zdobył z nim wicemistrzostwo Boliwii, za to w wiosennych rozgrywkach Apertura 2006 wywalczył czwarty w karierze szkoleniowca tytuł mistrzowski. W 2006 roku odszedł z drużyny, zostając koordynatorem prowadzonej przez Erwina Sáncheza reprezentacji Boliwii i funkcję tę pełnił przez kolejne trzy lata.