Przewrót bolszewicki, a następnie całkowite przejęcie władzy przez bolszewików po zakończeniu wojny domowej w Rosji, zmieniło sytuację dla katolickiej wspólnoty zgromadzonej przy jekaterynburskim kościele św. Anny. Już w 1922 roku obok akcji konfiskaty majątku Kościoła Prawosławnego z podobnym atakiem spotkały się wspólnoty katolickie. W roku tym skonfiskowano sprzęty liturgiczne kościoła św. Anny, zamknięto szkołę parafialną, a proboszcz ksiądz Franciszek Budrys został pierwszy raz aresztowany. W 1924 roku parafii odebrano grunty znajdujące się wokół kościoła oraz wszystkie znajdujące się tam zabudowania wraz z plebanią. Na tych terenach wkrótce wzniesiono Hotel Centralny. Katolicy byli prześladowani, a nabożeństwa utrudniane. 14 lutego 1930 roku władze SwierdłowskaW 1924 r. Jekaterynburg przemianowano na Swierdłowsk, którą to nazwę miasto nosiło do 1991 roku. zdecydowały o zamknięciu kościoła dla kultu religijnego i przejęciu go przez skarb miasta. W budynku urządzono bibliotekę, a ocalałe z grabieży resztki wystroju i sprzętów liturgicznych zostały przekazane do Swierdłowskiego Muzeum Ateizmu. W latach 30. XX wieku kolejne prześladowania spadły na miejscowych Polaków i katolików, a w 1937 roku rozstrzelano ostatniego proboszcza kościoła, ks. Franciszka Budrysa. Od lat 40. w budynku kościoła mieścił się dworzec autobusowy.