Na początku lat 60. ukończono budowę nowego dworca, stary stał się więc bezużyteczny, dlatego w 1962 roku resztki dawnego kościoła zostały wysadzone.
Po 1991 roku thumb|left|240px|Kościół św. Anny w Jekaterynburgu na przełomie XIX i XX wieku. W 1991 roku odnowiona została hierarchia katolicka w Rosji. W 1992 roku zarejestrowano parafię w Jekaterynburgu, której opiekunem był ksiądz Józef Świdnicki, kapłan podziemnego kościoła, który za swą działalność religijną w Związku Radzieckim odbył m.in. wyrok trzyletniej katorgi. Od 20 sierpnia 1993 roku proboszczem wspólnoty katolickiej, która liczyła wówczas niecałe 20 osób został pochodzący z diecezji siedleckiej ksiądz Jerzy Paczuski. Początki odnowionej parafii związane były z biznesmenem pochodzenia żydowskiego, Borisem Mersonem, który słysząc o wielkich darach finansowych jakie otrzymywała Matka Teresa z Kalkuty uznał, że działalność religijna może też być dochodowym interesem. Wraz z grupą osób, zgodnie z prawem rosyjskim, zarejestrował on parafię i sam stanął na jej czele jako "Prezydent Misji Katolickiej na Uralu", po czym wystąpił do administratora apostolskiego biskupa Josepha Wertha o przydzielenie księdza.