Wczesna kariera Filippo Inzaghi karierę piłkarską rozpoczął w 1982 roku w juniorach San Nicolò Calcio, w których grał do 1985 roku, a w latach 1985–1991 reprezentował barwy juniorów Piacenzy Calcio, następnie przeszedł do występującej w Serie B seniorskiej drużyny, jednak ze względu na słabą pozycję w drużynie grał w ramach wypożyczenia w klubie Serie C1 SC Leffe (1992–1993) i klubie Serie B Hellasie Verona (1993–1994), po czym wrócił do drużyny Biancorossich, w której wówczas karierę profesjonalną rozpoczął jego młodszy brat Simone i razem w sezonie 1994/1995 awansowali do Serie A.
Początki w Serie A Wkrótce talent Inzaghiego został zauważony przez działaczy zdobywców Pucharu UEFA, AC Parmy i wkrótce Inzaghi został zawodnikiem drużyny Crociati, w barwach której 27 sierpnia 1995 roku zadebiutował w Serie A w zremisowanym 1:1 meczu wyjazdowym z Atalantą Bergamo, w którym w 64. minucie został zmieniony przez Alessandro MelliegoFilippo Inzaghi - Matches - 1995/1996 Atalanta - Parma (1 - 1) 27/08/1995 . Wkrótce kariera zawodnika zawisła na włosku, gdyż w tym okresie doznał złamania prawej nogi.