W sezonie 1996/1997 reprezentował barwy Atalanty Bergamo, której Inzaghi był kluczowym zawodnikiem, gdyż z 24 golami został królem strzelców Serie A.
Juventus lewo|mały|Filippo Inzaghi w barwach Juventusu Turyn, 1997 rok.|240x240px Świetna forma Inzaghiego w sezonie 1996/1997 została doceniona przez władze FIGC (Włoski Związek Piłki Nożnej), które przyznało mu plebiscycie tytuł Młodego Piłkarza Roku Serie A, a także przez władze finalisty Ligi Mistrzów, Juventusu Turyn i tym samym został zawodnikiem drużyny Starej Damy, w której w latach 1997–2001 wraz z Alessandro Del Piero stanowił zgrany duet napastników, który w sezonie 1997/1998 doprowadził klub do zdobycia Superpucharu Włoch, mistrzostwa Włoch oraz ponownie do finału Ligi Mistrzów, w którym 20 maja 1998 roku na Amsterdam ArenA w Amsterdamie drużyna Starej Damy przegrała 1:0 z hiszpańskim Realem Madryt.
Sezon 1998/1999 drużyna Starej Damy zakończyła rozgrywki ligowe na zaledwie 7. miejscu i tym samym zakwalifikowała się do Pucharu Intertoto, w którym po wygranej rywalizacji w finale z francuskim Stade Rennes (2:0, 2:2) została jednym z trzech obok angielskiego West Hamu United oraz francuskiego HSC Montpellier triumfatorem rozgrywek.