Na temat historii sakramentarza w wiekach XII–XIX jest niewiele informacji. Prawdopodobnie przynajmniej do XIII w. był używany jako księga liturgiczna, później traktowano go jako cenny zabytek. Wiadomo, że w 1656, w czasie wojen szwedzkich, księga została zrabowana z Tyńca przez Szwedów, a następnie odkupiona w Krakowie, skąd powróciła do klasztoru. Informuje o tym notka na pierwszej karcie: Anno domini 1656 die 11 Augusti tę xięgę w klasztorze tynieckim wyrabowano gdy obóz Szwedzi rozproszyli Polaków tamże pod tymże klasztorem y tę xiążkę odkupiono w Krakowie. Obecna oprawa rękopisu pochodzi z XVII wieku. W opracowaniach przyjmowano, że księga mogła mieć wcześniej drogocenną oprawę z kości słoniowej, która została odłączona po zrabowaniu przez Szwedów. Możliwe jednak, że zniszczona oprawa została wymieniona jeszcze przed zrabowaniem rękopisu.
W 1814 sakramentarz został zakupiony w Krakowie za 1000 złotych przez Stanisława Kostkę Zamoyskiego, który w 1818 r. przekazał go do Biblioteki Ordynacji Zamojskiej.