W 1939 rękopis usiłowały przejąć i wywieźć do Niemiec grupy Kajetana Mühlmanna i Petera Paulsena, zajmujące się grabieżą polskich dzieł sztuki. Sakramentarz został skonfiskowany z Biblioteki Zamojskich, jednak nie wywieziono go do Rzeszy i pozostał w Warszawie na Alei Szucha. W listopadzie 1941 dzięki staraniom Gustava Abba, stojącego na czele utworzonej w Polsce przez Niemców Biblioteki Państwowej, rękopis powrócił do Biblioteki Ordynacji. Po powstaniu warszawskim, na mocy umowy kapitulacyjnej, miała miejsce tzw. akcja pruszkowska, czyli przewożenie niektórych ocalałych zbiorów bibliotecznych do hal Zakładów Remontowych w Pruszkowie, z których część wywieziono następnie do Niemiec. W trakcie tej akcji niektóre najwartościowsze zabytki, w tym Sakramentarz tyniecki, zostały potajemnie ukryte na terenie Polski. Sakramentarz trafił najpierw do Podkowy Leśnej, a następnie do kolegiaty łowickiej, gdzie ukryto go pod posadzką krypty.
W 1946/1947 trafił wraz z depozytem Biblioteki Ordynacji Zamojskiej do zbiorów Biblioteki Narodowej. W 1952 stał się własnością Biblioteki Narodowej na mocy ustawy znoszącej m.in. biblioteki fundacyjne. Sakramentarz jest dostępny online w Cyfrowej Bibliotece Narodowej „Polona”.