Landmessera oskarżono o „zhańbienie rasy” na podstawie tzw. ustaw norymberskich, a 15 września 1937 tymczasowo aresztowano, przewożąc do więzienia Fuhlsbüttel w Hamburgu. Jednak w procesie Landmesser był w stanie wiarygodnie wykazać, że ani on, ani Irma Eckler nie wiedzieli, że jest ona „pełną Żydówką”, dlatego 27 maja 1938 uniewinniono go z powodu braku dowodów z zastrzeżeniem, że jeśli ponownie dopuścił się przestępstwa, grozi mu kara kilku lat więzienia. Landmesser kontynuował związek z Irmą Eckler, pojawiając się z nią publicznie. 15 lipca 1938 został ponownie aresztowany, a w kolejnym procesie skazany na 2,5 roku więzienia i przewieziony do obozu jenieckiego Börgermoor w Surwoldzie. Trzy dni po Landmesserze Gestapo zatrzymało również Irmę Eckler, początkowo umieszczając ją w więzieniu Fuhlsbüttel, następnie w obozach koncentracyjnych w Lichtenburgu i Ravensbrück, a w lutym 1942 r. w Centrum Eutanazji w Bernburgu, gdzie 28 kwietnia 1942 została zabita, co 20 grudnia 1949 potwierdził sąd rejonowy w Hamburgu-Altonie.