Dorobek naukowy Prace naukowe Janusza Wolińskiego dotyczyły głównie badań dziejów Rzeczypospolitej w końcu XVII stulecia, a zwłaszcza w okresie panowania Jana III Sobieskiego, któremu Profesor poświęcił wiele studiów naukowych i publikacji źródeł. Zajmował się także historią Warszawy i Wielkiego Księstwa Litewskiego, dziejami Sejmu Czteroletniego, publikował materiały źródłowe do czasów panowania Jana Sobieskiego.
Publikacje Parkany (7 i 9 października 1683 roku), Warszawa: Wojskowe Biuro Historyczne 1933. Przyczynki źródłowe do kampanji 1674, Warszawa 1933. Król Jan III Sobieski a sprawa Ukrainy 1674–1675, Warszawa: Instytut Badań Spraw Narodowościowych 1934. Pośrednictwo tatarskie w wojnie polsko-tureckiej, Warszawa 1934. Polska i kościół prawosławny. Zarys historyczny, Lwów: Zakład Narodowy im. Ossolińskich 1936. Król Jan III Sobieski. W 250-letnią rocznicę zgonu, Warszawa: Trzaska, Evert, Michalski 1946. Jan III Sobieski i Prusy Książęce, Warszawa: Państwowe Zakłady Wydawnictw Szkolnych 1947. Od Chocimia do Żórawna (1673–1676), Kraków 1948. Johann von Goëss, Berlińskie relacje bar. Goessa w sprawach polskich 1674 r., wyd.