Fabuła Akcja gry toczy się w 1899 roku (sześćdziesiąt lat po wydarzeniach z Mrocznego obłędu) w Londynie podczas epoki wiktoriańskiej. Głównym bohaterem jest Oswald Mandus, zamożny przemysłowiec, który po powrocie z fatalnej podróży do Meksyku zostaje zmorzony gorączką i śni o tajemniczej maszynie. Po kilku miesiącach odzyskuje świadomość i słyszy ryk silnika zwiastujący start machiny. Głos z telefonu tłumaczy bohaterowi, że jego dzieci są uwięzione w części maszyny zalanej wodą przez sabotażystę. Gracz schodzi w głąb machiny aby je uratować zbierając notatki i unikając zmutowanych istot błąkających się po korytarzach. Po uruchomieniu maszynerii bohater mdleje. Głos opowiada mu że to on był sabotażystą, że miał wizję przyszłości pełnej wojen i cierpienia, że to on stworzył maszynę i że zabił własne dzieci, aby nie musiały żyć w takich czasach. Oswald ucieka na powierzchnię gdzie dowiaduje się, że celem istnienia maszyny jest "oczyszczenie świata". Dziwne istoty biegają po ulicach Londynu porywając ludzi. Zdecydowany zakończyć to szaleństwo gracz wraca do maszyny, aby jeszcze raz zostać sabotażystą. Gdy gracz zbliża się do serca mechanizmu maszyna próbuje go przekonać, że jest jego przyjacielem, że jest jedynym rozwiązaniem na nadchodzące zło.