Ojciec Lagrange zastosował do studiów biblijnych metodę historyczno-krytyczną. Była ona wówczas nowością w biblijnych studiach katolickich. Został posądzony o modernizm i racjonalizm, w wyniku czego otrzymał od władz kościelnych zakaz publikowania oraz w 1907 r. i następnie w 1911 upomnienie. Przyjął te sankcje z pokorą.
W 1914 r., gdy Palestyna dostała się pod panowanie osmańskie (Imperium osmańskie), został wydalony z kraju. Wyjechał do Paryża, gdzie kontynuował badania i publikacje. Kursy w szkole biblijnej zostały wznowione po wojnie. Zaczęli je prowadzić także profesorzy – uczniowie Ojca Lagrange’a. Podjęto współpracę z francuską Akademią Inskrypcji i Literatury Pięknej, która zamierzając otworzyć szkołę archeologiczną w Jerozolimie, ostatecznie zdecydowała włączyć się w prace Szkoły biblijnej. Od 1920 r. szkoła przyjęła nazwę Francuskiej szkoły biblijnej i archeologicznej w Jerozolimie.
thumb|250px|Kościół św. Szczepana przy École biblique w Jerozolimie, mieszczący się niedaleko Bramy Damasceńskiej. Ojciec Paul Dhorme przejął kierownictwo Szkoły i Revue biblique. Ojciec Lagrange mógł poświęcić się pisaniu komentarzy do Ewangelii, chociaż w 1931 r. zmuszony był podjąć kierownictwo Szkoły i pisma na nowo.