W latach 1966–1986 ekspertem Światowej Organizacji Zdrowia. Szpital leczenia gruźlicy, w którym pracował i który rozbudował stał się w 1976 kliniką – Terenowym Oddziałem Instytutu Matki i Dziecka w Warszawie – placówką szkoleniową dla lekarzy i naukowo-badawczą.
Jan Rudnik jest autorem ponad 200 prac naukowych. Pod jego redakcją ukazał się pierwszy w Polsce podręcznik „Przewlekłe choroby układu oddechowego u dzieci” wydany w 1972. Za działalność naukową oraz za szkolenie lekarzy również zza granicy profesor nagradzany był odznaczeniami francuskimi, węgierskimi i niemieckimi. W Polsce jego pracę doceniono odznaczając między innymi Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski oraz Medalem Komisji Edukacji Narodowej. Na wniosek dzieci zaś otrzymał Order Uśmiechu.
Profesor odszedł w wyniku ciężkiej i szybko postępującej choroby, pozostawiony majątek zapisał ówczesnemu Instytutowi Matki i Dziecka. Placówka ta została potem przekształcona w Oddział Terenowy Instytutowi Gruźlicy i Chorób Płuc i nazwana imieniem Jana i Ireny Rudników. Za pozostawione dewizy utworzono Fundację Ireny i Jan Rudników mającą ułatwić lekarzom wyjazdy na zagraniczne zjazdy i szkolenia naukowe. Profesor został pochowany na Starym Cmentarzu w Rabce przy ulicy Orkana.